微孔板上3萬或6萬的微孔，利用重力沉降的原理依次加入細胞和微球，由于微孔和微球數遠高于細胞數，從而微孔板上成千上萬了微孔內部存在一個細胞和一個磁珠，后續用油將微孔封成一個個反應室，反應室內，細胞裂解，微珠上存在標記細胞（cell barcode）和RNA分子（UMI）的標簽，以及帶有polyT的寡核苷酸鏈，polyT捕獲mRNA的polyA尾巴，后續基于磁性收集微珠（帶有RNA分子），進行逆轉錄，將細胞和RNA分析標簽加到每一個RNA分子上，以達到細胞標簽標記細胞，UMI進行RNA定量的目的。
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