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篩選目標蛋白后在樣本中進行驗證的方法良多，常用方法有基于質譜的PRM、基于抗體的蛋白質免疫印記（western blot， WB）和酶聯免疫吸附測定（enzyme linked immunosorbent assay，ELISA），另有其它方法，如免疫組織化學（通過化學反 應使標記抗體的顯色劑顯色來確定細胞內蛋白定位、定性及相對定量信息），實時熒光定量PCR（通過測定基因相對含量 信息側面驗證差異蛋白準確性）。

Western Blot及ELISA依賴于抗原/抗體對目標蛋白進行定量，然而很多蛋白都沒有成熟業化抗體，即使有抗體，也難以保證特異性及穩定性，且單次實驗通量低、成本高，由于以上弊端極大限制了蛋白組后期 的商驗證工作。基于質譜的目標蛋白檢測技術-PRM很好的克服了以上缺陷，無需抗體且單次可檢測多達幾十種蛋白。 平行反應監測（PRM）是一種使用高分辨率質譜儀（如Orbitrap Exploris 480）對目標蛋白檢測的方法。在PRM中，肽段的前體離子被第一個四極桿質量過濾器（Q1）分離出來，前體離子經過C-Trap進入多級離子通道，通過高能碰撞解 離將肽段離子的肽鍵隨機斷裂形成碎片離子，碎片離子隨后返回C-trap并被 Orbitrap采集質荷比，從而得到目標肽段二級譜圖。

PRM 靶向定量蛋白組工作流程

PRM靶向定量蛋白組工作流程較為復雜，大致分為以下步驟：1）根據生物學問題或臨床問題確定感興趣蛋白質；2）對 實際檢測樣本蛋白質混合液進行DDA檢測，確定目標蛋白肽段，并挑選unique肽段用于后期PRM檢測；3）建立目標肽 段采集方法，包括前體離子m/z、肽段洗脫時間、儀器參數等；4）在待測樣本中進行目標肽段LC-MS/MS分析；5）對采 集后數據進行處理，以確定目標肽的身份，并根據提取的離子色譜圖（XIC）確定分析物豐度。