產(chǎn)品簡介
FFPE樣本由于組織或細(xì)胞進(jìn)行了固定造成了RNA斷裂，所以常規(guī)真核生物通過polyA尾捕獲mRNA的方式不適用于FFPE樣本的轉(zhuǎn)錄組測序，“旭燃生物”FFPE樣本轉(zhuǎn)錄組測序采用去rRNA的方式進(jìn)行建庫，和常規(guī)lncRNA測序的建庫原理比較相似。但是FFPE樣本天然存在降解，樣本RNA片段異質(zhì)性比較大，“旭燃生物”對實驗條件進(jìn)行了優(yōu)化，以便得到高質(zhì)量的數(shù)據(jù)。
數(shù)據(jù)表現(xiàn)
產(chǎn)品優(yōu)勢
1、可同時檢測mRNA、lncRNA和circRNA
2、可適用于FFPE等RNA質(zhì)量稍差的樣本
3、低成本，高準(zhǔn)確性，大幅降低了測序時間
4、數(shù)字化信號，直接測定每個轉(zhuǎn)錄本片段序列,單核苷酸分辨率的精確度
5、利用高深度的測序數(shù)據(jù)組裝構(gòu)建轉(zhuǎn)錄本序列,識別可變剪接模式
實驗流程
數(shù)據(jù)分析
| 樣本類型 | 建議送樣量 | 存儲介質(zhì) | 保存、運輸條件 |
| 組織 | ＞50mg | 1.RNA later； 2.存入凍存管; 3.大塊組織樣本不建議放入trizol保存； 4.1.5ml無菌離心管 | -80℃保存，干冰運輸 |
| 細(xì)胞 | ＞2 x 10^6 | 1.收集的細(xì)胞沉淀，加入1ml trizol震蕩混勻-80度保存； 2.收集的細(xì)胞沉淀，液氮速凍5-10min，-80℃冰箱保存； | -80℃保存，干冰運輸 |
| 全血 | ＞1ml | A.采用EDTA抗凝管采血，禁用肝素抗凝管，新鮮血液效果更佳。 B.或者分離出PBMC加 trizol 混勻。 C.或者全血離心去掉血漿加 trizol 混勻。 D.或者使用PAXgene Blood RNA Tube靜脈真空采血管（全血RNA管） PS：請盡量不使用RNA later保存全血。 | -80℃保存，干冰/4度（新鮮）運輸 |
| FFPE | A.切片組織面積大于1cm2，切片表面無劃痕，無干裂，均勻貼片的石蠟切片； B.切片組織細(xì)胞>30000個；有核細(xì)胞比例>80%；腫瘤細(xì)胞比例>20%，白片厚度5~ 10um，需3-5片，組織面積偏小或細(xì)胞核占比未達(dá)80%以上，需提供5-12片； C.石蠟塊：厚度4mm以上，組織約綠豆大小以上； D.蠟卷：厚度25um左右，2-5卷 | / | 4℃或常溫保存和運輸 |
| RNA | ＞1ug | DEPC水；Water Nuclease-Free | -80℃保存，干冰運輸 |
研究方向/思路
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